Палестинская академия наук и технологий была основана в 1994 году Организацией освобождения Палестины по просьбе ЮНЕСКО. Она была официально учреждена Президентским указом № 114 в 1997 году, признающим её статус автономной, неправительственной и некоммерческой организации. Этот указ наделил Академию полномочиями главного органа в области науки и технологий в стране, отвечающего за консультирование по вопросам разработки политики, программ и проектов в поддержку национального развития, а также за координацию соответствующей научно-технической деятельности. Таким образом, Академия стала центральным центром и зонтичной организацией в области науки и технологий в Палестине.
Доктор Фатхи Арафат был назначен первым президентомПочетным президентом является Его Превосходительство Ясир Арафат, президент Палестинской национальной администрации.
В 1998 году доктор Рафик Аль-Хусейни был назначен первым Генеральным секретарём Академии. В 2000 году доктор Мохамед Зиара сменил его на посту исполняющего обязанности Генерального секретаря, а в начале 2001 года — доктора Имад Аль-Хатиб, который первоначально исполнял обязанности Генерального секретаря, а затем был назначен Генеральным секретарём в том же году. Доктор Хикмат Аджури был назначен вице-президентом Академии.
Статус Академии был подтвержден Указ Президента № 13 от 2004 года (в Английский), что ещё больше укрепляет её статус национального, независимого и самоуправляемого учреждения. Палестинская академия наук и технологий играет важнейшую роль в развитии науки, технологий и инноваций в Палестине и использовании их в качестве движущей силы экономического, социального и человеческого развития. Для достижения этой цели Академия тесно сотрудничает с партнёрами из академических кругов, правительства и промышленности как на местном, так и на международном уровне. Координация и оптимизация национальных усилий особенно важны, учитывая ограниченные ресурсы и серьёзные проблемы. Штаб-квартира Академии находится в Иерусалиме, а также имеет дополнительные офисы в Рамалле и секторе Газа.